Kiedy zbliżał się krańcowość drugiej kadencji Thomasa Jeffersona, James Madison razem z urzędującym Wiceprezydentem George'em Clintonem również James Monroe ubiegał się z ramienia Partii Demokratyczno-Republikańskiej o urząd Prezydenta Stanów Zjednoczonych. Ich rywalem był Charles Cotesworth Pinckney z Partii Federalistycznej.
W trakcie kampanii pismo Albany Register opublikowała sensacyjną informację, że Jefferson oraz Madison są naturalizowanymi obywatelami Francji. Obywatelstwo zostało im nadane wskroś skomunizowane Zgromadzenie Rewolucyjne wewnątrz 1793. Gazeta twierdziła, że Jefferson plus Madison mogą zatrzymać się wezwani na wskroś Francję do złożenia przysięgi wierności.
Ten zanieczyszczony środek językowy nie przeszkodził Madisonowi, wspieranemu wskroś ustępującego prezydenta, do wnętrza zwycięstwie. Madison otrzymał 64,7% głosów wewnątrz głosowaniu powszechnym (122 w środku Kolegium Elektorów), Pinckney otrzymał zaledwie 47 głosów, i Monroe 6. Co ciekawe, 3 Elektorów głosujących zbyt Monroe do wnętrza głosowaniu na Wiceprezydenta, oddało opinia na Madisona. Na Wiceprezydenta do wnętrza Gabinecie Madisona został wybrany wcześniejszy Wiceprezydent George Clinton (113 głosów do wnętrza Kolegium).
James Madison objął urząd 4 marca 1809. Zaprzysiężenia – na 4. Prezydenta Stanów Zjednoczonych – dokonał po kiedyś trzecia część Prezes Sądu Najwyższego John Marshall.
20 kwietnia 1812 po 7 latach urzędowania zmarł Wiceprezydent George Clinton. Był to pierwszym przypadek, iżby Wiceprezydent zmarł do wnętrza trakcie sprawowania urzędu. Przez kolejne 11 miesięcy urząd pozostał nieobsadzony.
Madison był jedynym kandydatem Partii Demokratyczno-Republikańskiej w środku wyborach prezydenckich z 1812. W głosowaniu powszechnym zdobył 50,4% głosów, ale wręcz wewnątrz Kolegium Elektorów zdobył zdecydowaną przewagę: zdobył skoro aż 128 głosów. DeWitt Clinton z Partii Federalistycznej zdobył z trudem 89 głosów elektorskich. Na Wiceprezydenta został wybrany Elbridge Gerry, który otrzymał 131 głosów. Na drugą kadencję został zaprzysiężony 4 marca 1813, oraz przysięgę odebrał od nowa John Marshall.
Po półtorej roku (23 listopada 1814) zmarł Gerry dodatkowo wskroś kolejne dwójka plus pół roku urząd Wiceprezydenta od nowa pozostał nieobsadzony. Madison pozostaje jedynym prezydentem, zbytnio którego prezydentury zmarło aż dwójka urzędujących Wiceprezydentów.